يتميز قسم العمليات في مستشفى الاستقلال بمستوى عالٍ من التجهيز والتعقيم، ويتم تنفيذ التداخلات الجراحية بشكل آمن تحت اشراف نخبة من الأطباء الاستشاريين والأخصائيين وطواقم تخدير على درجة عالية من المهنية والخبرة الواسعة بالإضافة إلى الكوادر التمريضية المؤهلة. كما يتم إجراء جميع أنواع الجراحات العامة والدقيقة لجميع الاعمار .
يحتوي قسم العمليات على عشر غرف مجهزة بأحدث الأنظمة والأجهزة العالمية والتي تعتبر الأفضل في الشرق الأوسط مما يمكن الجراح من القيام بعمليته ضمن أعلى معايير السلامة وهذا ينعكس بدوره على صحة المريض. كما تم ضم وحدة الافاقة والحالات اليومية وذلك بزيادة القدرة الاستيعابية لكل من وحدة الحالات اليومية بسعة سبعة عشر سرير وحدة الافاقة بسعة ثلاثة عشر سرير ويجدر بالذكر أن نسبة رضى المرضى عن العمليات التي تجري في مستشفى الاستقلال عالية جدا وتضاهي المستشفيات العالمية.